manual – MUGO

Forarea puțului de apă

Posted on 04.12.2020by Mugo

Nu există rețea de apă potabilă în apropierea terenului pe care îl dețin, situat la câțiva km de București, motiv pentru care a trebuit să mă orientez spre forarea unui puț. În momentul de față am nevoie de apă pentru udatul grădinii (pentru gardul viu și pentru cei 10 arbori și pomi fructiferi plantați în ultimii ani), iar pe viitor pentru apă menajeră la casă. De când am cunoscut-o pe nevastă-mea am băut doar apă îmbuteliată indiferent de alternative și asta dintr-un simplu motiv – dacă ai apă de la robinet, nu știi ce se întâmplă cu ea pe traseul dintre furnizor și locuință, iar dacă ai apă de la puț… acum mai depinde și ce fel de puț după cum veți observa în cele ce urmează.

Articole Publicații

Searching the undetected mtDNA variants in forensic MPS data

Posted on 10.10.2020by Mugo

Melchionda F, Stanciu F, Buscemi L, Pesaresi M, Tagliabracci A, Turchi C. Forensic Sci Int Genet. 2020 Nov;49:102399

Abstract:

The efficiency of MPS in forensic mtDNA analysis has been thoroughly proven, although a reliable and well established data evaluation still remains a critical point. Numerous bioinformatics tools have been developed, but most of them require specific operating systems and high costs, while free open-source programs with user-friendly interfaces are few. In this study, 43 full mtGenomes were sequenced using the Ion Personal Genome Machine™ (PGM™) System and analyzed utilizing the plug-in Variant Caller (TVC) of the Ion Torrent Software Suite and the mtDNA-Server (mDS), a free web-based mitochondrial analysis tool for MPS data. The outcomes of these two different analysis tools were compared to variants noted after manual inspection of the aligned reads performed using Integrative Genomics Viewer (IGV). The comparison highlighted the presence of thirty-nine discordant variant calls, which were resolved by Sanger sequencing that confirmed the presence of all variants, except for 7 deletions. The combined adoption of IGV and Sanger type sequencing confirmatory steps, in addition of TVC and mDS analysis, resulted in a more accurate variants assignment with the detection of 32 additional true polymorphisms, which were noted in the final dataset. Regarding the heteroplasmy issue, out of a total of thirty heteroplasmic variants, twenty-eight were detected by the TVC, while the mDS detected twenty-two.

Overall, none of the used bioinformatics tools were the perfect choice and a secondary analysis with an expert’s opinion in complete mtGenome MPS data evaluation is still required in forensic genetic analysis.

Keywords: Mitochondrial, DNAMassive, parallel sequencing, Point heteroplasmy, Variants call, Forensic genetics

Download

Verde stop!

Gardul viu

Posted on 14.11.2019by Mugo

Gardul din plasă zincată bordurată (despre care am scris aici) are o mulțime de avantaje, mai puțin cel al intimității. Dacă vrei să faci plajă în propria curte, toți trecătorii te pot vedea de pe stradă în toată splendoarea formelor tale.

O soluție rapidă ar fi învelirea gardului cu o plasă verde care imită iedera (varianta mai scumpă) sau cu o pânză verde (varianta mai ieftină). Problema acestei abordări constă în faptul că în timp plasa/pânza trebuie înlocuită pentru că se îmbâcsește de praf (variantele ieftine dau chiar un aspect de șantier perimetrului) și ambele stau cam prost cu izolarea fonică sau cu retenția de noxe de la mașini.

Golem14 Recenzii

Marțianul

Posted on 25.12.2015by Mugo

De citit romanul Marțianul apărut la editura Paladin. (Check!)
De vorbit despre el în cadrul lansării ce a avut loc la Târgul Gaudeamus din acest an. (Check!)
De văzut filmul lui Ridley Scott (Check!)
De scris o recenzie. (Vezi în cele ce urmează…)

Am luat contact prima dată cu cel de-al doilea roman al lui Andy Weir, pe Goodreads. Această rețea de socializare a atins în 2013 peste 20 de milioane de utilizatori (cititori) iar Marțianul a fost aleasă cartea anului în 2014. Nu m-am apucat atunci să o citesc și nici când a început isteria din jurul filmului care a făcut-o și mai populară decât era. Mie îmi plac lucrurile așezate. Mai exact, prefer să testez un produs literar, cinematografic sau în general artistic, atunci când nu mă aflu sub influența drogurilor mass-media. Astfel, ocazia de a citi Marțianul a apărut, în ceea ce mă privește, atunci când Michael Hăulică mi-a lansat o provocare: „N-ai vrea să vorbești despre Marțianul la lansarea de la Gaudeamus?”

Diverse

Ce ar trebui să știi dacă vrei să înveți Python

Posted on 12.09.2015by Mugo

Interpretatorul Python, adică programul care transformă liniile de cod ale limbajului de programare cu același nume, în comenzi reale, îl găsești sub două versiuni (v2 și v3) pe site-ul oficial www.python.org. Tot acolo găsești toată documentația de care ai nevoie, link-uri către comunitățile locale (ex: Grup de Utilizatori Python din Romania) și link-uri către diverse resurse de bază (ex: manual tradus în limbă română, scris de olandezul Guido van Rossum – inventatorul limbajului de programare Python, poate fi descărcat de aici: Tutorial Python 2.2).