Urmăresc de ceva vreme activitatea celor de la Societatea Română de Bioinformatică (RSBI*) și am fost încântat să aflu că vor organiza o conferință în perioada 11-13 mai la Institutul de Biologie și Patologie Celulară „Nicolae Simionescu” din București (ICBP).
Conform organizatorilor „această conferință face parte din The Bioinformatics Capacity Building – Human Genomics, un proiect organizat de Societatea Română de Bioinformatică în colaborare cu ELIXIR Norvegia și finanțat prin Fondul Bilateral asociat cu Granturile SEE și Norvegiei 2014-2021″.
RSBI s-a remarcat public prin cursurile și prelegerile susținute pe teme de bioinformatică dar și prin eforturile acestei organizații de a încadra România în rețeaua ELIXIR (infrastructura europeană a științelor vieții, care reunește oameni de știință din 23 de țări și peste 250 de institute de cercetare).
Interesul pentru conferință a fost destul de consistent, la o verificare sumară oricine putând observa participanți din UK, Norvegia, Belgia, Franța, Germania și România (Cluj-Napoca, Sibiu, București, Iași, Craiova, etc). Spațiul ales pentru confiență a fost adecvat. Prelegerile s-au axat pe două mari teme – genomul uman și microbiom, însă au fost și teme mai generale aplicabile și altor domenii ale Genomicii și Bioinformaticii. Eu, spre exemplu, am așteptat cu interes prelegerea celor de la Illumina – unde nu am fost surprins să aflu că au început să lucreze cu tehnologii IA (că tot e la modă), însă ceea ce m-a surprins a fost de fapt reacția comunității științifice la aceste tehnologii. Cu alte cuvinte, utilizatorii doreau să înțeleagă mecanismul din spatele deciziilor, fapt care i-a determinat pe cei de la Illumina să facă transparent o parte din actul decizional al IA.
Așadar, am avut parte de prelegeri consistente, am întâlnit oameni interesanți – pe unii îi știam deja din online, pe alții i-am văzut pentru prima oară la conferință, am văzut mulți tineri veniți de la Facultatea de Biologie, ICBP sau de prin alte părți… Toate acestea mă fac să cred că, per ansamblu, conferința a avut un real succes, iar organizarea ei a fost ireproșabilă – toate acele e-mail-uri pas cu pas sau formularele de feed-back, ceea ce arată că organizatorilor chiar le pasă de eforturile lor, mi-au inspirat de la bun început și după o notă de profesionalism.
Mi-ar fi plăcut să văd mai multe prelegeri ale cercetătorilor și cadrelor didactice din Facultatea de Biologie (una fusese anunțată în forma draft a programului, dar apoi a fost retrasă… Păcat!) sau a altor instituții din România, care cochetează cu Bioinformatica (cum ar fi Universitatea Politehnică din București). E loc pentru mai mult și sper ca RSBI să facă din această conferință un eveniment cu o oarecare ciclicitate. Cine știe… poate un RoBioinfo Conference 2024? Începutul a fost bun.
Mai jos este programul conferinței, pe zile (în bold sunt sesiunile la care am reușit să asist). Două dintre prelegeri nu le-am mai menționat, întrucât ele nu au mai avut loc ca urmare a absenței invitaților (din motive probabil obiective…). Se mai întâmplă! Nu e un capăt de țară…
Prima zi – 11 mai 2023
- Opening & housekeeping information – Bogdan Mirauta, Romanian Society of Bioinformatics
- Maya Simionescu, Institute of Cellular Biology and Pathology „N. Simionescu”, Bucharest
- Cancer precision medicine: Norwegian and European consolidation efforts – Eivind Hovig, University of Oslo
- Facilitating federated controlled access archival storage and data distribution – Kjell Petersen, University of Bergen
- Federated human data discovery networks – Tim Beck, University of Leicester
- European Reference Networks and rare diseases genetic data management Anca Riza and Ioana Streata, University of Medicine and Pharmacy of Craiova
- MGnify – a hub for the archiving, analysis and discovery of microbiome derived sequence data – Rob Finn, European Bioinformatics Institute
- The MAR databases – A new level of flexibility and FAIRness supported by the Contextual Biodata Framework – Terje Klemetsen, UiT The Arctic University of Norway
- Diving into the Unknown: revealing the diversity and ecological roles of uncultured microorganisms in the permanently stratified hypersaline lakes – Horia Banciu, Babeș-Bolyai University, Cluj-Napoca
- French soil microbiome: from data analysis to knowledge gathering and operational quality diagnosis – Sébastien Terrat, INRAE Dijon
- Effects of the host clinical parameters on the Metabolic Syndrome Gut Microbiome –Gratiela Gradisteanu Pircalabioru, The Research Institute of University of Bucharest
- Redefining interactions: Human and Helicobacter pylori coevolution in the European – African admixed population of Cabo Verde – Sandra Beleza, University of Leicester
- Antibiotic resistance shuttles in Romanian ESKAPE from surface/used waters and clinical isolates – Marius Surleac, National Institute for Infectious Diseases Matei Balș
A doua zi – 12 mai 2023
- The 16S rRNA gene as a tool to resolve the structure, diversity and the phylogeny of prokaryotic communities – Florin Mușat, Helmholtz Centre for Environmental Research, Leipzig
- Linking phylogenetic identity to cell function by fluorescence and chemical microscopy – Niculina Mușat, Helmholtz Centre for Environmental Research, Leipzig
- Deciphering the microbial universe: leveraging metaproteomics bioinformatics to better understand microbiome functioning – Tim Van Den Bossche, Ghent University
- Multi-omics characterization of nicotine metabolism in Paenarthrobacter nicotinovorans – Marius Mihășan, Alexandru Ioan Cuza University
- Investigation of nicotine-catabolism in Paenarthrobacter nicotinovorans ATCC49919 using long-read direct RNA sequencing – Amada El-Sabeh, Alexandru Ioan Cuza University
- Recoverable shifts of sediment microbial communities in the Mures River basin under pressure from wastewater treatment plant effluent discharge – Ioana Boeras, Lucian Blaga University of Sibiu
- European life science infrastructure for biological information – Andrew Smith, ELIXIR
- Omics for discovery of early cancer biomarkers – Trine Ballestad Rounge, University of Oslo
- Transcriptomic analysis of Peripheral Blood Mononuclear Cells in Gout and Hyperuricemia – Valentin Nica, Iuliu Hatieganu University of Medicine and Pharmacy, Cluj-Napoca
- Generating new Insights – From Secondary to Tertiary Data Analysis with Illumina – Daniel Becker, Illumina GmbH
- nf-core/sarek: a pipeline for efficient germline, tumor-only, and somatic analysis of NGS data on different compute infrastructures – Friederike Hanssen, Tübingen University
- Ultradeep targeted NGS of multiple DNA templates in the same patients reveals TP53 somatic mutations with potential diagnostic utility – Răzvan Iacob, Carol Davila University of Medicine and Pharmacy, Bucharest
- Challenges in exome and panel sequencing variant interpretation – Alexandru Prica, Regional Centre of Medical Genetics Dolj, Emergency County Hospital Craiova
A treia zi – 13 mai 2023
- Vizită la Muzeul de Istorie Naturală – Grigore Antipa
- Bioinformatics și pizza
* Atenție la acronimul din limba engleză care dă și domeniul „.ro” al asociației. Cel în limba română SRB/SRBI a fost luat de Societatea Română de Biomateriale.
Last Updated on 30.11.2023 by Mugo