CategoriesGenomicaInstrumente

Integrative Genomics Viewer

Dacă ar fi să descriu Integrative Genomics Viewer (IGV) în două cuvinte, acestea ar fi: atlas genomic… Cu alte cuvinte, IGV este o aplicație de tip software cu ajutorul căreia poți să navighezi prin genom pe verticală (de la nivel de nucleotidă, până la cel de cromozom și invers) și pe orizontală (la nivel de secvență, de la un cap la altul în cromozom).

IGV se prezintă sub forma a două versiuni: aplicație pentru desktop sau de tip browser. Prima variantă are nevoie de Java pentru a funcționa, care poate fi instalat separat sau integrat deja în aplicație, pe când cea de tip browser nu are asemenea dependențe deoarece majoritatea browsere-lor actuale suportă Java, însă este mai „ușoară” când vine vorba de posibilități de utilizare. Așadar, versiunea desktop este preferată de analiști, pe când cea browser de companiile care furnizează servicii de secvențiere și care cu ajutorul acestei versiuni oferă pe site-urile lor o previzualizare a rezultatelor oferite. Voi vorbi mai departe de versiunea desktop, însă dacă sunteți curioși despre cum arată versiunea browser sau de cum poate fi integrată pe un website propriu, urmați aceste legături: IGV online sau IGV-Web Documentation.

CategoriesRubrica de Știință

Medici cu probleme, autorități nepăsătoare și Hidra de apă dulce

Pornind de la premisa că orice categorie socială și orice profesie are dezaxații ei este oarecum firesc ca printre medici sau oamenii de știință să apară și indivizi cu tulburări de comportament sau cu grave probleme psihice. Dacă ți-ai luat doctoratul într-un domeniu al Științei sau ai terminat Facultatea de Medicină, nu garantează nimeni că nu poți la un moment dat să te îmbolnăvești mintal, ba mai mult nu garantează nimeni ca nu ești bolnav psihic de la bun început. Niciuna din aceste etape nu presupune și un control medical de specialitate. Ceea ce e oarecum grav, pentru că poți să faci mult rău chiar dacă în sinea ta ești bine intenționat. Acest control se realizează prin medicina muncii de abia atunci când absolvenții ajung să se angajează pe posturi fixe (cât de eficient este acestea, asta e deja o altă poveste). Cu alte cuvinte dacă ai trecut de etapa asta (cu sau fără puțin ajutor), poți să debitezi în spațiu public tot ce îți trece prin cap. În situații grave ești scos din Colegiul Medicilor sau ți se poate retrage titlul de doctor, dar asta durează mult și bine…

CategoriesRubrica de Știință

Universul 25

„Voi vorbi în mare măsură despre șoareci, dar gândurile mele se referă la om, la vindecare, la viață și la evoluția ei” (J.B. Calhoud)

Contextul

În Biologie, unul dintre exemplele folosite pentru a explica autocontrolul efectivelor populaționale, atunci când vorbim de ecosisteme sau de etologia anumitor specii, este cel al șoarecilor a căror urină, prin mirosul specific, joacă un rol de inhibitor al reproducerii. Cu alte cuvinte, în afara mecanismelor externe (boli, prădători, hazard etc.) există și mecanisme de reglaj intern al dimensiunii unei populații.